El Instituto de Investigación del Hospital de La Princesa fue constituido el 15 de Diciembre del 2009 en virtud de un convenio firmado entre centros sanitarios de la Consejería de Sanidad de la Comunidad de Madrid y otras instituciones de investigación básica. Está formado por el Hospital Universitario de La Princesa (como núcleo básico del Instituto), Hospital Universitario de Santa Cristina, Hospital Infantil del Niño Jesús, Área de Influencia de Atención Primaria del Hospital U. de La Princesa y la Universidad Autónoma de Madrid (incluyendo el centro universitario Instituto Teófilo Hernando de I+D del Medicamento).

En el año 2010 (siendo éste un año de transición para el Instituto), nuestros científicos han logrado mantener una alta calidad en cuanto a los artículos publicados.

Nuestra misión consiste en promover y favorecer la investigación clínica contrastada con la investigación básica de alto nivel, para conseguir un intercambio fluido y eficaz de los avances científicos obtenidos, y convertirnos así en puerta de entrada para la conexión multidisciplinar. De este modo se impulsará la relación entre ambas, favoreciendo la toma de decisiones relativas a la salud poblacional.
El número actual de investigadores que conforman nuestro Instituto es de unos 400 con perfiles diferentes y complementarios que permiten abarcar aspectos más amplios de la investigación. Existe además un gran equipo de titulados de diferentes grados, dedicados a realizar tareas de investigación que apoyan las líneas existentes en nuestro IIS.
Nuestro IIS posee una gran capacidad de formación y desarrollo de nuevos grupos de investigación jóvenes y con trayectoria científica probada, que en el momento actual se encuentran llevando a cabo su labor investigadora en el Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), en diferentes Universidades como Catedráticos y Profesores titulares, en distintos centros de investigación nacionales e internacionales, así como desempeñando cargos de Jefes de Unidad de Hospital y Directores de grandes servicios como Biobancos.
Toda la investigación que se lleva a cabo en nuestro IIS está estrictamente regulada por las normas bioéticas nacionales e internacionales aplicables, supervisadas por el Comité Ético de Investigación Clínica (CEIC).